關于深圳注冊公司這樣的商事登記行為的法律性質，學者們有不同認識，立法上也少有定位。解析商事登記行為的法律性質固然是一個難題，但對商事登記行為的準確定性是確定商事登記效力的前提，其對于研究整個商事登記制度，從而構建適應我國市場經濟需求的規范化、現代化的商事登記制度具有重要意義。

公法和私法的劃分，最早是由古羅馬法學家烏爾比安提出，查士丁尼在《法學總論》中指出：“法律學習分為兩部分，即公法和私法。公法涉及羅馬帝國的政體，私法則涉及個人利益。”現代法學一般認為：“凡涉及到公共權利、公共關系、公共利益和上下級服從關系、管理關系、強制關系的法為公法。而凡涉及個人利益、個人權利、自由選擇和平權關系的法即為私法。”從對法律的公私法劃分理論出發，商事登記作為商法的一個重要組成部分，其性質存在頗多爭論。學界關于商事登記的性質主要有以下三種觀點：1．商事登記屬于公法行為；2．商事登記屬于私法行為；3．商事登記屬于混合行為。

“商事登記屬于公法行為”的觀點認為，注冊深圳公司等商事登記行為從本質上說是國家利用公權干預商事活動的行為，是一種公法上的行為。它是作為私法的商法的公法性最為集中的體現。商事登記法所調整的法律關系是登記申請人與登記主管機關之間的關系。此時國家機關與商事登記申請人辦理登記行為時，不是以民法之機關法人這種民事主體的身份出現，而是行使國家權利。有學者甚至認為，這種行為在性質上可以屬于行政行為，它由行政相對人的申請登記行為和行政主管機關的審核登記注冊行為組成。也有學者認為其屬于商組織法的范疇，商組織法有明顯的強制性規定，因而屬于公法范疇。

此觀點僅片面地強調國家意志和行政行為在商事登記中的主導位。從現實角度考察，我國的商事登記制度確實在很大程度上體現的是國家管制的功能，這與我國商事登記制度的發展歷史和計對經濟時代留下的慣性思維有關。我國商事登記制度最早可溯及秦代，迨至清末比較完善。其實質是一種特許制度，目的僅在于征稅，而不是為了保護和監督商業。到了近代社會，在傳統計劃經濟體制下，政府作為能的管理者，成為指揮整個政治、經濟以及社會生活的唯一主體。而傳統行政管理體制下，以行政機構身份出現的商事登記機構無法脫行政權力的約束，而將登記視為一種行政授權。在計劃經濟向市場經濟轉型的過程中，在傳統社會文化背景下所造成的“官本位”想已經根深蒂固，再加上思維慣性的使然，導致人們依然將商事登記為實現經濟管制目的的重要手段之一，忽略了當事人在商事登記過中的能動作用，忽略了商事登記中商主體對設立的主體類型、營業范圍、投資方式等登記事項同樣可以按照自己的意志享有選擇啪權利。這種主張只適合于國家對一切經營活動實行嚴格管制的計劃經濟運行體制，隨著市場經濟的不斷發展，該主張受到越來越多的學者的批評和質疑。